Em 2207, dois anos após Gamilas e Iscandar desaparecerem, um objeto colossal, o "Grand Reverse", aparece, rompendo sem esforço as defesas da Terra. Enxames de tropas e tanques de múltiplas pernas conquistam rapidamente a capital da Terra. Em meio ao caos, a velha tripulação Yamato recebe uma ordem secreta e agora começa uma viagem para dimensões invisíveis enquanto o destino da humanidade está em jogo.