Jogoro Kobato e Yuki Osanai, dois meninos de quinze anos do primeiro ano do ensino médio, formam um casal incomum. Depois de algumas experiências desagradáveis na escola anterior, relacionadas à propensão para resolver mistérios, eles concordaram em adotar uma nova personalidade: a de “caras respeitáveis” que levam uma vida tranquila e comum. No entanto, o semestre mal começou quando uma série de mistérios irresistíveis começam a se apresentar, e Kobato, em particular, não consegue evitar de resolvê-los, principalmente com a ajuda de seu amigo Kengo. Uma bolsa perdida, um par de pinturas idênticas, uma xícara de chocolate perfeitamente feita e uma misteriosa garrafa quebrada proporcionam a esses detetives relutantes (e ao espectador) muito exercício mental e entretenimento. Mas quando a bicicleta de Osanai é roubada, junto com o bolo de morango que ele deixou em sua cesta, o rastro de pistas leva o casal a um perigo inesperado...
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