No final do século XIX, com o fim dos tempos cruéis do período Bakumatsu, uma nova era Meiji marcou a era da restauração do Japão. Com o fim da guerra, o seu infame herói Hitokiri Battousai desapareceu no ar, deixando apenas a sua lenda para trás. Anos mais tarde, um andarilho aparentemente simples chamado Kenshin Himura encontra Kaoru Kamiya, o dono de um dojo local em dificuldades em Tóquio. Kaoru persegue um autoproclamado Battousai que vagueia pelas ruas, matando indiscriminadamente cidadãos e agentes da polícia. Além disso, o guerreiro professa usar o Kamiya Kasshin-ryu - um estilo de espada desenvolvido pelo pai de Kaoru, profundamente enraizado na essência da vida, não da morte. Kenshin decide ajudar Kaoru a derrubar o impostor e a restaurar o dojo do seu pai. Sem que todos saibam, Kenshin não é outro senão o verdadeiro guerreiro cujo nome ainda aterroriza o povo. Embora Kaoru acabe por descobrir a verdade, o seu juramento de expiar a sua história assassina protegendo os fracos sem derramamento de sangue comove-a, e ela dá as boas-vindas a Kenshin para ficar no seu dojo. No entanto, os ideais de Kenshin são rapidamente desafiados por fantasmas do passado e inimigos do presente.